1. Слабая безопасность от взлома;
2. Есть некоторые недочёты в иерархии элементов движка. Например, теги H1, H2, H3 и т.д. располагаются не очень удобно;
3. В Joomla нельзя управлять одновременно несколькими сайтами. Для каждого нового веб-ресурса необходимо устанавливать отдельную CMS. Хотя для некоторых пользователей это может и не являться проблемой;
4. Наличие большого количество лишнего кода, как в самом движке, так и шаблонах. Лишний программный код – это ненужные расширения, плагины, незадействованные скрипты, ссылки на сайты разработчиков. Более того, весь этот мусор сгруппирован не лучшим образом;
5. Медленная загрузка веб-страниц по сравнению с другими некоторыми CMS и тем более классическими сайтами. Вытекает из 4 пункта;
6. Отвратительная индексация поисковыми системами. Обусловлена сложной иерархией элементов и 4-м пунктом.